Com tots els medicaments, els antidepressius poden tenir efectes adversos, que depenen del mecanisme d'acció de cada fàrmac i que solen millorar conforme avança el tractament.
Cada persona respon i tolera de manera diferent els fàrmacs en general, i els antidepressius en particular. Per això, el tractament ha de ser individualitzat en funció de l'edat, la preferència individual i els símptomes principals.