L'epilèpsia és molt freqüent en persones amb trastorn de l'espectre de l'autisme (la prevalença varia del 2% al 46%, segons les edats i els criteris diagnòstics utilitzats). En l'epilèpsia el patró d'activació cerebral es mostra alterat i podem veure un espectre de símptomes, que poden anar des de moments de desconnexió que poden passar desapercebuts, a alteracions lleus en la conducta, sensacions perceptives, espasmes musculars i  convulsions.